メトロポリス上で稼働し、メトロポリスセンターに紐づいている進行中の輸送機や支援部隊は、メトロポリスができると同時にメトロポリスセンター（新メトロポリス）へ送られます。ただし、現在進行中の入出撃は中止される。

メトロポリス建設中にメトロポリスセンターまたは連携都市が占領された場合、連携都市は解放され、メトロポリス建設は中止されます。関係する生息地のいずれかで戦闘が行われている間は、結果が出るまで、進行中のメトロポリスの建設は保留される。